当前位置:上海抚生实业有限公司>>技术文章>>常见qPCR探针法有哪些?
常见qPCR探针法有以下几种类:
1、TaqMan探针:TaqMan探针法是经典的探针方法,设计一条与扩增产物能互补杂交的探针,在探针的5’端标记荧光基团(供体),在探针3’端标记淬灭基团(受体),当探针完整时,荧光基团和淬灭基团距离很近(探针长度)因荧光共振能量转移,荧光基团在入射光激发下不发出荧光。PCR反应进行时,探针杂交在扩增产物上,当引物介导的延伸反应到达探针位置时,因taq酶拥有5’3’的外切酶活性,会从5‘端切割(水解)探针,从而使5’端的荧光基团和3’端的淬灭基团分离,使它们的间距超过10nm,超出荧光共振能量转移的范围,荧光基团此时在合适入射光的作用下,就能发出自身波长的荧光。探针杂交是特异性的,所以荧光的种类和量能特异性的代表目标产物的种类和量。
近年来对TaqMan探针进行改良发展出TaqManMGB探针,在TaqMan探针的3端加入一个能插入DNA小沟的二氢环化吲哚卟啉三肽(DPI3),可以使大大提高探针的TM值,增加杂交反应的特异性。
2、双杂交探针(dualhybridizationprobe):与TaqMan法不同,双杂交探针的供体基团和受体基团分别在两条探针上,这两条探针都可以与扩增产物杂交,杂交位置不同但很接近,反应时两条探针一头一尾杂交于扩增产物上,杂交后两个基团距离在10nm以内(一般15碱基),此时产生荧光共振能量转移现象,激发光下供体基团不发光,受体基团发光,检测受体基团的发光情况既可以确认扩增产物的情况。
3、分子信标探针(molecularbeacon,MB):分子信标探针采用的是在反应中增加荧光基团和淬灭基团距离的方法,和TaqMan法不同,分子信标探针不是采用酶切的方式使荧光基团和淬灭基团分离,而是通过杂交的方式改变探针二级结构,增加两个基团的距离从而使荧光基团发光。
分子信标探针在与靶序列杂交前呈现一个茎环结构,其中环部分为能与靶序列互补杂交的特异性序列,臂部分互补,荧光基团和淬灭基团分别在两臂的末端,当分子信标探针呈茎环状态时,荧光基团和淬灭基团距离极近,荧光基团被淬灭。
当PCR扩增反应产生靶序列产物,探针环部分与靶序列发生杂交,两臂距离因此拉开,两个基团间的距离不能形成荧光共振能量转移,荧光基团发光。
4、蝎形探针(scorpion):蝎形探针又叫蝎形引物,因形状类似蝎子而得名,其基本原理与分子信标探针十分类似,不同点在于,蝎形探针3’端带了PCR引物,反应中得到的产物与蝎形探针为一个分子,探针的杂交在分子内部,而不需要两个分子参与,从而使杂交反应更加迅速,高效。
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