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金樱子染料法PCR鉴定试剂盒引物设计基本原则:
1、引物长度:18-26bp,可放宽至18-30bp(有研究表明超过30bp再增加引物长度意义不大);
2、引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C 过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列存在;
3、引物Tm:54-58℃,可放宽至52~62℃,GC%>60%可进一步放宽;
4、扩增子Tm:>92℃;
5、3'端:优选三联体WSS、SWS、TTS,二连体GC,单体S,尽量规避WWW、CGW、GGG、CG;
6、引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%,引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有全互补序列,否则易导致非特异性扩增;
7)、末端2bp最好为GC;
8)、引物的5′端可以修饰。如附加限制酶位点,引入突变位点,用荧光物质标记,加入其它短序列,包括起始密码子、终止密码子等;
9)、其他:避免3'端8bp及以上序列与模板多位点互补,尽量避免上下游3'端4bp及以上反向互补,尽量避免内部回文。
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