在燃烧室中设有辅助燃烧器，可用油或天然气作燃料来燃烧。辅助燃烧器的作用主要是为了在开工时将蓄热体加热到一定温度，或当废气中可燃物的浓度较低时，需要补充燃料来维持燃烧室所要求达到的反应温度。蓄热室和燃烧室均砌有耐火砖，并用陶瓷纤维保温;为便于检修，通常在燃烧室的一侧设有人孔。装置中没有金属暴露在高温区内，而与高温气体接触的切换阀、闸板等均有特殊的隔热措施。基于耐火材料具有髙的蓄热容量，因而即使当废气组成或可燃物的热值有波动时，也能使燃烧室保持均匀的温度分布。
两室RTO工作流程如下：
在开工时先用新鲜空气代替有机废气，借燃烧器将蓄热室加热到一定温度。由于蓄热体具有的储热性能，所以从一个冷的RTO加热到800～850℃，并且还要达到正常的温度分布，一般要经过几天时间(目前也有缩短到以小时计)。
在正常操作时，比如1号蓄热室已在前一个操作循环(或称周期)中存储了热量，有机废气首先从底部进入1号蓄热室，废气通过蓄热体床层被预热到接近燃烧室温度，而蓄热体同时逐渐被冷却;接着，预热后的废气进入顶部燃烧室(即主反应区，气体在燃烧室中的停留时间约为1s)，在燃烧室中有机化合物被氧化后，即作为高温净化气进入2号蓄热室;此时，净化气将热量传给蓄热体，蓄热体床层逐渐被加热，而净化气则被冷却后排出。当1号蓄热室冷却到尚可允许的温度水平时，就应切换气流的流向，即完成第1个循环。切换流向后，有机废气进入已被加热过的2号蓄热室，反应后的净化气则将热量传给已冷却的1号蓄热室，如上所述一样，完成第2个循环。这样通过不断反复循环操作来实现废气的净化和热量的充分利用。一个循环时间，即切换时间为30～120s(两个切换时间就是一个全周期时间)。如果废气中可燃物浓度达到自供热操作的水平，那么燃烧器只需在开工时使用，在正常运转时可以关闭。
