真核转录组测序技术是针对真核生物特定组织或细胞在某个特定时期转录出来的所有RNA进行测序。既可研究已知基因，亦能发掘新基因，全面快速地获得mRNA序列和丰度信息。可以分为：有参考转录组和无参考转录组测序。
真核转录组测序技术数据解读分析内容
- 有参转录组标准信息分析
- 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理
- 测序评估：比对统计、测序随机性评估、比对上序列在染色体的分布、比对上序列在基因区域的分布、比对结果可视化
- 基因表达注释：基因表达量、表达量分布、样品聚类
- 基因差异表达分析
- 差异基因表达模式聚类分析
- 差异表达基因GO功能显著性富集分析：GO子类统计、GO富集分析、富集GO q值分布
- 差异表达基因Pathway显著性富集分析：KO富集分析、富集KO q值分布、通路结果注释
- 基因的可变剪接分析：可变剪接鉴定、统计、表达量分析
- 预测新转录本：新转录本注释、表达量统计、差异分析
- SNP分析
- 蛋白质互作网络分析
- 无参转录组标准信息分析
- 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理
- 数据产出统计及测序数据的碱基含量和质量评估
- 组装结果分析：组装结果统计及转录本长度分布
- 组装结果评估：
- 比对率分析、均一性分析
- 组装准确性评估、组装结果注释比例评估、Reads利用率及嵌合体比例评估、核心蛋白比率评估。
- 预测编码蛋白框（CDS）
- Unigene功能注释
- Unigene的COG分类
- Unigene的GO分类
- Unigene代谢通路分析
- Unigene表达量分析：Unigene的表达量估计及其分布统计，实验样品的聚类
- Unigene表达差异分析
- 差异表达的Unigene结果统计：数目统计、聚类分析、组间差异表达的Unigene分布统计
- 差异表达的Unigene GO分类和Pathway富集性分析
- 差异表达的Unigene功能注释
- SNP分析
- SSR分析与引物设计。
样本要求
- 样品类型：完整且无污染的总RNA；
- 样品需求量（单次）：200 ng； 2ug（真菌）
- 样品浓度：≥20ng/μL；≥40ng/μL（真菌）
- 样品纯度：28S:18S≥1.0；RIN≥7.0（动物）；RIN≥6.5（植物&真菌）；昆虫样品无28S:18S及RIN值要求
- 样品OD值： 260/280≥1；260/230≥1.8；昆虫和动物样品无OD值要求
