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对DNA分子做酶切时的注意事项

2022年11月29日 10:54上海远慕生物科技有限公司点击量:498

  如果是要做酶切,提质粒的最/后一步最/好是用水溶解DNA,因为TE里面的离子会影响酶切的效率。
 
  双酶切制备克隆插入片段的载体,最/好选择带有外源片段的质粒,是否酶切完/全,从电泳条带的分子量上可以比较明确地判断。空质粒单切完/全和双切完/全在分子量上差异不大。
 
  在做酶切时,也可以象PCR一样配置主反应液,每次反应前先列好反应的体系,算好需要的反应数,然后按所需反应的体系按所需反应数放大,加入buffer、酶、水,质粒栏空缺,然后混合后按除质粒DNA的体积分装,然后再在每管中加入相应体积的质粒DNA酶切,这样做的好处如下,特别是当同时有10几个阳性克隆需要鉴定时尤为明显:
 
  (1)各反应成分均一;
 
  (2)可大大减少限制型内切酶的使用;
 
  (3)节省时间。
 

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  连接酶的常见种类和作用机制
 
  1、T4DNA连接酶
 
  T4DNA连接酶是目前应用比较多的病毒基因组编码的DNA连接酶,在基因重组中广泛使用。噬菌体类型较多,目前研究发现T4噬菌体能够合成T4DNA连接酶,并且已经能够从被T4嗜菌体感染的大肠杆菌中提取该酶,此外科学家也已经定位该酶的合成基因,即噬菌体T4的30基因。T4DNA连接酶具有连接黏性末端和平末端的作用,研究人员总结DNA/片段的连接过程,认为整个DNA连接反应可以通过三个连续步骤来完成:
 
  (1)ATP通过断裂最/后一个高能磷酸键释放能量,同时产生的AMP和T4DNA连接酶利用ATP水解释放的能量形成E-AMP复合物;
 
  (2)所形成的E-AMP复合物可以识别DNA双链之前被切开的切口,识别之后AMP会脱离E-AMP复合物并与DNA的5’-P基团结合;
 
  (3)需要连接的另外一段DNA分子片段的3’-OH会攻击第二步形成5’-P-AMP,3’-OH和磷酸基团残基发生反应形成磷酸二酯键,同时释放出一个AMP。
 
  2、 真核生物DNA连接酶
 
  真核生物存在3种ATP依赖型DNA连接酶——DNA连接酶Ⅰ、DNA连接酶Ⅲ和DNA连接酶Ⅳ。研究显示,DNA连接酶Ⅰ和DNA连接酶Ⅳ广泛分布于真核生物中,如植物界和动物界,DNA连接酶Ⅲ则主要分布于脊椎动物中。
 
  目前科学家认为,在真核生物DNA复制过程中,起到连接作用的可能主要是DNA连接酶Ⅰ,DNA连接酶Ⅰ活性的调节与其氨基端有关,在其氨基端靠近活性中心有一个特定的部位,该部位可以通过磷酸化作用来调节DNA连接酶Ⅰ的活性。DNA连接酶Ⅰ的作用就是将DNA复制时复制叉处形成的不连续的后随链(冈崎片段)连接起来。在此过程中DNA连接酶Ⅰ并不是单独起作用,而是需要和多种蛋白因子密切合作共同完成。在真核生物DNA复制时,后随链是由DNA聚合酶α催化合成的,DNA聚合酶α先催化合成一段引物,然后依赖DNA聚合酶δ与增殖细胞核抗原(持续复制因子),从引物开始合成DNA,然后引物通过降解出去。此外,在损伤的DNA的碱基修复中,DNA连接酶Ⅰ也同样起到重要的作用。首先细胞内的特异性的核酸内切酶和外切酶特异性识别损伤部位,在DNA单链损伤部位的附近进行剪切,切除一段DNA,然后DNA聚合酶以另一条完整的DNA链作为模版进行修复合成重新合成这段DNA,最/后由DNA连接酶Ⅰ将缺口连接。

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