CUT&RUN技术提供了一种检测细胞中蛋白-DNA相互作用的快速、可靠且真正的低细胞数测定法。与ChIP实验不同，CUT&RUN不存在甲醛交联、染色质碎裂和免疫沉淀，使之成为一种使蛋白-DNA相互作用富集和检测靶基因的更快且更有效的方法。
CUT&RUN可在一天之内完成从活细胞到纯化DNA的过程，且经证明每次检测只需使用少至500-1000个细胞。和ChIP中碎裂所有细胞染色质不同，CUT&RUN利用一种染色质抗体靶向消化方法，从而使背景信号比ChIP实验低得多。
因此CUT&RUN仅需ChIP-seq检测所需测序深度的1/10.zui后，加入简单的Spike-in DNA即可准确定量和标准化靶标蛋白结合，而这是ChIP方法无法实现的，这种方法可有效标准化样品间和实验间的信号。
艾美捷 EpiGentek EpiNext CUT&RUN快速套件,以优惠价格从低输入提供无超声破碎，以可靠地识别真正的目标蛋白质富集区域并实现高分辨率定位。可满足用户快速富集蛋白质结合的DNA并绘制全基因组蛋白质/DNA相互作用的图谱的需求。
EpiNext CUT&RUN快速套件用于快速富集特定DNA，并与来自低输入细胞/染色质的蛋白质(组蛋白或转录因子)，并在体内识别或定位使用Illumina平台或其他方法通过下一代测序进行蛋白质-DNA相互作用，如作为qPCR。创新的工作原理、优化的协议和套件组件允许以zui小化的非特异性背景水平捕获目标蛋白质/DNA复合物。这个捕获的DNA特别适合于构建非条形码(单复合)和条形码(多路复用)文库以较少的偏差和较高的速度映射目标蛋白质-DNA相互作用区域高分辨率。
图：使用EpiNext™ 切断并运行快速试剂盒，对照抗体捕获组蛋白DNA复合物(H3K9me3)来自从Hela细胞分离的1 ug染色质，用于DNA文库制备。290 bps左右的峰值反映了单核小体(150 bps)。
