新一代测序（NGS）技术的应用日益广泛。随着测序技术的不断改进，制备核酸和构建NGS文库的方法也在改进。对于各种文库制备方法，总的来说，在NGS分析之前，制备RNA或DNA的主要步骤包括：片段化和/或筛分长度的目标序列；将目标片段转化成双链DNA；在片段末端连上寡核苷酸接头；以及定量zui终的文库。
NGS文库构建的主要因素。主要是通过物理方法（如超声破碎）或酶学方法（即非特异的核酸内切酶处理）来实现的。将这两种方法进行了比较，发现它们都很有效。不过，与物理方法相比，ELISA试剂盒酶学方法（Fragmentase）产生更多人为的插入缺失。认为它能够减少样品处理并节约时间。在制备DNA样品的文库时，应考虑几点，包括起始材料的量以及测序应用。若基因组的GC含量较高或较低，文库制备有可能会出现偏向。此时应精心选择PCR扩增的酶、条件以及缓冲液，来解决这些问题。
这些可从微克至皮克级的起始材料开始制备文库。不过，大家应该记住这一点，起始材料越多，意味着扩增越少，文库复杂性越好。对于RNA测序实验，在决定文库制备的方法之前应考虑实验的主要目的。如果目的是发现复杂和整体的转录事件，那么文库应捕获整个转录组，包括编码、非编码和基因间RNA，尽可能完整。然而，在很多情况下，ELISA试剂盒此外，制备测序文库时的主要目标是产生尽可能少的偏向（bias）。偏向可被定义为因实验设计而产生的数据系统失真。既然不可能消除所有来院的实验偏向，那么至少要了解偏向发生在哪里，并采取一切可行的步骤来尽量减少；注意实验设计，让不可能消除的偏向对zui终分析的影响zui小。
