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RPA技术试水二代测序的文库制备

阅读:739发布时间:2014-11-4

重组酶聚合酶扩增RPA被称为是可以替代PCR的核酸检测技术。RPA扩增的速度非常快,灵敏度高,对硬件设备要求低,而且不需要复杂的样本处理。这样的技术特别适合于体外诊断、兽医、食品安全、生物防御、农业等领域。

大规模并行测序技术(即二代测序NGS)是基因组和遗传学领域的一次技术革命。NGS自诞生以来,不论是测序规模还是测序效率都有了飞速的提升。尽管这一技术已经取得了巨大的成功,但有着碱基组成的基因组区域,对于目前的NGS平台来说仍然是一个很大的挑战。

不少重要的病原体都具有的碱基组成,比如疟原虫(高AT含量)和结核杆菌(高GC含量)。PCR扩增是标准的文库制备程序,不过PCR会导致不均匀的读取覆盖度(特别是在富含ATGC的区域),zui终影响基因组的装配和变异分析。而省却PCR扩增的文库制备方案,需要大量的初始材料,不适合处理从临床上分离的样本。为此,Wellcome Trust Sanger 研究所的研究团队对测序文库的制备进行了优化,找到了既适合低量样本又耐受高AT含量的文库制备方案。这项研究发表在2012年的BMC Genomics杂志上。

研究人员用非临床和临床分离物(含大约53%的宿主污染物)制备Illumina测序文库,分别使用了不同的聚合酶、PCRRPA方法,并对测序结果进行了分析和比较。他们在此基础上增强了高AT含量区域的测序覆盖度,减少了碱基组成带来的偏向性。


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