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ChIP:基因组学与蛋白质组学的连接

时间:2012-11-5阅读:812
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              ChIP还可与DNA芯片和测序技术相结合,用于高通量的筛选已知蛋白因子的未知DNA靶点和研究反式作用因子在整个基因组上的分布情况,这将有助于深入理解DNA-蛋白质相互作用的调控网络,了解一些疾病如癌症、心血管疾病和中央神经紊乱的发生的机制。

 
         基因组学和蛋白组学都将把染色质作为研究对象,但两个领域采用的方法各异。在基因组学研究中,研究人员通常从一个蛋白质开始研究,采用ChIP去找出与基因组关联的蛋白质。而蛋白组学研究采用的是反向方法,先用一个特殊的DNA序列作为寻找蛋白质的诱饵;然后用ChIP去证实:那些蛋白质就是在体内与DNA序列相关联的蛋白质。 
   

              ChIP的原理很简单,就是选择性地富集包含某一特定抗原的染色质片段。传统的ChIP包含以下几个步骤:甲醛处理使蛋白质与DNA交联;超声波将染色质打断成一定大小;通过抗体沉淀蛋白质-DNA交联复合体;用蛋白酶K处理,解除交联,纯化DNA;实时定量PCR检测DNA的量。虽然ChIP技术的原理不复杂,但是对技术的要求高,实验步骤的设计摸索耗时耗力,实验耗费时间长。

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