细胞功能的调制是通过蛋白与蛋白间的相互作用来实现的。因为每个细胞的P53分子数目是有限的（大约每个细胞有10,000个），而且当DNA受到损伤时P53会在很短的时间内上升到一个很高的水平。蛋白与蛋白的相互作用的机制似乎是一个P53调制细胞功能的有效的机制。羊ELISA试剂盒实验显示，P53与胞内的可能在P53调节的不依赖转录的途径中起重要作用的蛋白相互作用。*个P53结合蛋白被确认为是70kDa的热休克蛋白（hsp70），它和P53的某个突变体结合。MDM2能结合野生型和突变型的P53，并阻断P53调节的转激活功能。
这个关系被认为是负反馈调控途径来调节P53的功能。几个基底转录因子包括TATA结合蛋白（TBP）、TBP相关蛋白、CCAAT结合蛋白（CBP）、TFIIH相关因子p62和SP1都能和P53形成复合物。P53与TBP的结合和P53调控的转录抑制有关。被P53在转录水平上抑制的基因包括：白细胞介素6基因、增殖细胞核抗原基因、视网膜肉瘤基因、多种抗药基因、C－FOS、BCL－2、可诱导的一氧化氮合成酶基因。羊ELISA试剂盒某些基因被P53有选择的抑制，可能是调控这些基因产物的一个重要事件。复制蛋白A（Replication protein A，RPA）结合P53的发现提供了这样的可能性，即P53可能在DNA的复制和核苷酸切除修复中起着直接的作用。
P53还能和其他的TFIIH相关因子包括XPB和XPD相结合。这在基底转录、DNA修复和细胞凋亡的过程中起着重要作用。另外，Wilms肿瘤抑制基因的产物WT1也能和P53结合。羊ELISA试剂盒然而，P53调节WT1功能的机制还不清楚。P53与RAD54、RAD51的结合还和DNA的同源重组有关。P53与RAD54、RAD51的结合与P53可能和影响DNA同源重组的蛋白相互作用的假说相一致。
