在正常情况下,科学家从实验室培养的微生物中提取DNA ,然后对其进行测序.因为无法在实验室条件下获得P. jirovecii细胞,所以无法获得其基因组DNA,但是Hauser 及其同事采取了另外一种方法.他们从肺孢子菌肺炎患者中收集支气管肺泡灌洗液,通过免疫共沉淀的方法收集P. jirovecii细胞,通过随机引物扩增获得混合的DNA双链,这些DNA混合物包含了来自P. jirovecii、人及患者肺部的其它微生物的DNA.随后,研究人员对这些混合DNA进行高通量测序.Hauser及其同事称,所得到的是多个物种的测序结果,这给他们带来了很大的挑战.“zui大的挑战就是要从这些混合数据中分离出目标序列.”Hauser说.SIB瑞士生物信息学研究所在这方面提供了*的专业知识和基础设施.
完成了序列分类之后,研究人员开始对这些序列进行基因组组装,同时尝试鉴定功能性的基因.这是科学家从单一来源的混合DNA池中进行基因组组装,这就是所谓的宏基因组（metagenome）.他们的分析揭示了一个令人惊讶的事实：P. jirovecii只有寄生在人体中才能存活.P. jirovecii缺乏必要的基因来产生一些生活的必要成分,这是专性寄生的一个标志.“这意味着它们需要寄主为自身提供生活所需的物质.因此,人体是这种寄生物的载体,这是一个重大的发现.”Hauser说.这是一个有用的信息,因为这意味着人类是这种微生物的重要资源,而病原物感染者及携带者是控制肺孢子菌肺炎传播的关键点.
