HPLC的流动相常见的脱气方法有以下几种：
1超声波脱气，配好的溶液超声波脱气10－30分钟，可除去部分的气体，脱气效率在80%左右，注意流动相温度会上升，溶剂会挥发，混合溶剂的比例会发生变化。
2真空脱气，效果比超声波好，要注意不同溶剂的挥发对流动相组成的影响。这里可以用真空泵也可以用水泵，纯有机溶剂对真空泵有损坏作用。
3在线脱气机，使用方便，效果与氦气差不多，投入比较大。
4在线脱气装置，用氦气，脱气，耗材成本高。
如何避免气泡的产生，可以从以下几个方面来考虑。
1将确定的几种流动相混合，用合适的方法脱气，适合单泵体系的分析，这种体系要求比较低，脱气不影响也不是很大，有条件在检测器出口加一个反压管或反压柱。
2如果要梯度分析，或者几个流路的等度分析，对于低压混合的泵，建议先单独各自脱气，如有可能在检测器出口接一个反压柱，基本可避免气泡的产生。当然，如果有在线脱气机，则容易的多，不事先脱气，大部分时间是没问题的，事先脱气效果更好。如果是高压混合泵，产生气泡的几率比较低，在检测器出口接一个反压柱，一般不脱气也没问题；如果流动相再脱气，极少再出现气泡。
3还可以这样考虑，例如纯乙腈与纯水混合时容易产生气泡，尤其做梯度的时候。不用纯乙腈与纯水二相，建议用90%的乙腈及10%乙腈-水相预混合后脱气，然后再上泵。
4在线脱气装置，流动相脱气后，为了防止空气重新溶解于流动相，在分析时，不断在流动相中通氦气，理论上效果是好的，只是成本比较高。
5脱好的溶液，放置时间长了，又会溶解新的气体，需重新处理。
