1、微生物生长迅速，一旦膜表面出现细菌群落，很快会生成粘泥膜，造成系统进水压力升高、压差增大、产水量降低。一般首支膜污染较严重，膜面及流道污染会同时发生。

目前防止反渗透膜微生物污染的方法主要靠预处理阶段降低可生化性有机物及杀菌。常规的杀菌方法包括加氯或次氯酸盐、臭氧、紫外线等。也可利用DBNPA或异噻磋啉酮等非氧化性杀菌剂对反渗透系统进行冲击式杀菌。