‌化工废水生化系统受有毒物质冲击时，可以采取以下措施来应对和恢复系统‌：

‌减少进水量‌：通过减少进水量，可以降低系统的负荷，从而减轻有毒物质对微生物的毒性影响。这有助于降低系统中的有毒物质浓度，减少对微生物的直接伤害‌。

‌增加排泥量‌：增加排泥量可以将含毒物质排出系统，减少其在系统中的积累。同时，适当的回流也有助于保持系统的微生物平衡‌。

‌打捞水面上的浮泥‌：对水面上的浮泥进行打捞，可以减少浮泥对光照的阻挡，改善系统的光照条件，同时也能去除一部分含毒物质‌。

‌增加系统供氧‌：通过增加系统供氧，可以促进微生物的呼吸作用，帮助微生物恢复活力，加速有毒物质的分解和转化。

‌生物置换‌：如果条件允许，可以通过增加剩余活性污泥排放量，实行生物置换，以增加系统中的微生物多样性，提高系统的自我恢复能力‌。

‌杜绝毒性物质进入生化反应系统‌：最重要的是防止有毒物质再次进入系统，确保进水处于正常的营养结构，使微生物能够完成正常的新陈代谢及繁殖。

‌控制进水含盐量‌：对于含盐废水冲击，控制进水含盐量，确保进水处于正常的营养结构，同时增加剩余污泥排放量和系统供氧，促进新微生物的产生。

‌暂停排放剩余活性污泥‌：在微生物毒性物质冲击时，暂停排放剩余活性污泥，增加系统供氧，如有条件可减负荷运行，以便快速恢复正常。

‌避免油类物质进入系统‌：对于油类物质冲击，避免油类物质进入生化系统。如有进入，应立即去除油类物质，增加系统供氧。

‌调整pH值‌：对于酸碱冲击，调整进水pH值，确保生化反应系统处于适宜的酸碱环境中。对于酸性冲击，增加进水碱度；对于碱性冲击，调整进水pH值至适宜范围。‌