显色培养基（Chromogenic/Fluorogenic Culture Media）是一类利用微生物自身代谢产生的酶与相应显色底物反应显色的原理来检测微生物的新型培养基。这些相应的显色底物是由产色基团和微生物部分可代谢物质组成，在特异性酶作用下，游离出产色基团显示一定颜色，直接观察菌落颜色即可对菌种作出鉴定。它是一种新型分离培养基，利用显色培养基进行微生物的筛选分离，其反应的灵敏度和特异性大大优于传统培养基，显色培养基在食品、药品、医疗等领域有着广泛应用。
常见的显色培养基有： 大肠杆菌系列 大肠杆菌O157：H7显色培养基
用于食品、病人粪便样品中O157：H7菌的快速检测。O157：H7菌显紫色，大肠杆菌和大肠菌群显暗蓝色；其它细菌显黄色或无色。本培养基的特异性高，可以克服SMAC培养基引起的假阳性和假阴性结果，是一种很理想的快速检测培养基。
其它显色培养基 坂崎杆菌显色培养基
用于婴儿配方奶粉和其它食品中坂崎杆菌的快速检测。坂崎杆菌显蓝—绿色菌落，其它菌显无色或黄色。
沙门氏显色培养基
用于食品、水、牛奶、冰激凌和肉制品和其它样品中沙门氏菌的快速检测。沙门氏菌显紫色，大肠杆菌和大肠菌群显蓝色，其它细菌显黄色或无色。
通常情况下，常见的显色培养基都是专一鉴定某种特定菌群，HiMedia公司（微生物培养基商）的一款广谱型显色培养基（货号：M1600）能鉴定出样本中粪肠球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌、绿脓杆菌、奇异变形杆菌、*、伤*、鼠伤*等，能够有效筛检多种微生物，在临床（如尿道感染菌的筛查）和非临床标本中有广泛的应用。它能通过菌落显色，一次性初步鉴别多种微生物，结果直观，。
培养基中的动物组织和酪蛋白酶水解物提供氮、碳质化合物、必需的生长营养素，同时也是氨基酸的来源。肠球菌、大肠杆菌和大肠菌群产生的酶可以有效地分裂这些显色的底物，从而赋予*的菌落颜色。培养基中的蛋白胨是苯*和*等氨基酸，它有助于控制*脱氨酶活性，从而促进了蛋白质类、摩根氏体和普罗维登斯菌属菌种的鉴别。肠球菌所具有的β-葡糖苷酶裂解显色底物，使菌落呈蓝绿色菌落。肠杆菌具有酶β-半乳糖苷酶，其特异性裂解其他生色底物，导致紫色菌落的形成。通过进行吲哚试验，可以从其他相似的有色菌落中区分和鉴定大肠杆菌。大肠杆菌裂解两种显色底物，形成蓝色至紫色的菌落。变形杆菌、摩根氏菌属和普罗维登斯菌属的菌落由于*脱氨酶活性而呈现棕色。
