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上海抚生实业有限公司
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阅读:242发布时间:2017-2-7
elisa检测试剂盒有了基因组序列,Baker等研究人员能够鉴定出同时进化的氨基酸,即时它们在未折叠的链上彼此不相邻。这些事件表明,这些氨基酸在折叠蛋白质中是邻居,为研究人员研究蛋白结构提供了线索。结构上的接近可以提示功能关系,以及自然选择在功能上的作用。
在蛋白质家族数据库Pfam中有接近15,000个蛋白质家族。对于近三分之一的家族,每个家族中至少有一种已通过实验确定其结构的蛋白质。对于另三分之一的家族,可根据一定程度的置信度建立比较模型。然而,对于另外5211个蛋白家族,目前没有任何结构信息。
研究人员确定了建模所需的序列数量,开发出模型质量的标准,并且在可能的情况下,将预测的接触与已知结构进行匹配来改进建模。这种方法预测出614个蛋白质家族的结构模型,其中约140个带有PDB中未出现的折叠。这种方法提供了大蛋白家族的代表性模型,向着蛋白质结构计划的目标迈进了一大步。
elisa检测试剂盒JGI的Nikos Kyrpides表示,Baker实验室与JGI之间的合作让团队提出了一个强大的方法来预测结构和结构比对。“正如预期的那样,当我们增加了宏基因组学数据,利用我们数据库中50亿个组装好的宏基因组序列,我们能够明显增加许多已知蛋白家族的覆盖。”
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