ELISA试剂盒1)肽质指纹术(peptide mass fingerprint, PMF)是由Henzel等人于1993年提出. 用酶(zui常用的是*)对由2-DE分离的蛋白在胶上或在膜上于*或赖氨酸的C-末端处进行断裂，断裂所产生的的分子量通过质谱来测量 (MALDI-TOF-MS，或为ESI-MS)，这一技术能够完成的肽质量可到0.1个分子量单位. 所有的肽质量zui后与数据库中理论肽质量相配比(理论肽是由实验所用的酶来“断裂"蛋白所产生的). 配比的结果是按照数据库中肽片段与未知蛋白共有的肽片段数目作一排行榜，“*"肽片段可能代表一个未知蛋白.若冠亚军之间的肽片段存在较大差异，且这个蛋白可与实验所示的肽片段覆盖良好，则说明正确鉴定的可能性较大.
2)ELISA试剂盒肽片段(peptide fragment)的部分测序. 肽质指纹术对其自身而言，不能揭示所衍生的肽片段或蛋白质. 为进一步鉴定蛋白质，出现了一系列的质谱方法用来描述肽片段. 用酶或化学方法从N-或C-末端按顺序除去氨基酸，形成梯形肽片段(ladder peptide). 首先以一种可控制的化学模式从N-末端降解，可产生大小不同的一系列的梯形肽片段，所得一定数目的肽质量由MALDI-TOF-MS测量. 另一种方法涉及羧基肽酶的应用，ELISA试剂盒从C-末端除去不同数目的氨基酸形成肽片段.
