呼吸系统是气体进出机体和气体交换的场所，吸入性药物或气源性毒物首先对呼吸道和肺产生影响。肺同时接受全部心脏的排血，血源性毒物同样会对呼吸系统产生毒性。药物可影响呼吸系统颗粒物的沉积、氧化负荷，产生毒性细胞介质和过度增殖。

评价药物呼吸系统毒性的方法包括：

(1)肺功能测定：不仅是对机体呼吸功能的客观评价，并能够对肺损伤时呼吸功能异常程度和类型进行评估。肺功能检测主要包括肺容积、肺通气、通气和血流在肺内的分布、血气分析等。

(2)形态学检测：大体病理学改变(如炎症和癌组织)在光学显微镜下就可以观察到。为了观察气道和肺泡表面各种细胞类型和辨别损伤的Clara细胞质改变，需要厚塑胶或环氧树脂切片。透射电子显微镜可以观察到Ⅰ型上皮细胞或毛细血管内皮细胞的变性、坏死。还可鉴别肺泡间质中的细胞。扫描电镜可以观察到肺细胞表面的细微结构。

(3)肺灌洗：采用多次少量等渗盐水灌洗染毒动物的肺，检测灌洗液中白细胞、巨噬细胞、单核细胞的数量和活性，以及测定乳酸脱氢酶、酸性磷酸酶或碱性磷酸酶、溶酶体水解酶、白蛋白以及唾液酸等的含量，可以对肺急性或慢性损伤类型、发病机制和转归提供重要的参考。

(4)离体实验方法：特别适合药物对呼吸系统毒性机制的研究。目前常用的离体实验方法有肺分离灌流、肺外植和切片、器官型细胞培养系统和分离肺细胞群等。