尽管在各方面都有着传统门禁系统*的优势，但网络化门禁也并非无懈可击。目前，网络化门禁系统在安全性、可靠性和标准、成本方面，依然有很大改善空间。
由于TCP/IP网络化门禁的发展时间不长，部分厂商并未对安全性引起足够的重视，直接使用明文方式进行通信，安装时直接接入办公网络等，致使系统受到来自内部或外部的网络攻击，造成不安全因素。而如果厂商采用更安全的网络协议，根据用户的需求进行网络管理和网络资源的访问*，则能大大提升系统的安全性。
另外，网络化系统强调节点、服务器之间的信息传递与互动，在运行过程中容易造成网络连接不畅，甚至遭到蓄意破坏。对此，要求厂家在系统建设之初，设计相应机制，即使网络中断也不会影响各节点的使用。
标准和成本问题是网络化门禁系统普及的又一个难题。联网是网络化门禁的一大特点，“然而各厂家基本都是使用自己的应用层协议来连接设备和软件，并未形成业界统一的标准”，在此情况下，用户如需把产品集中到自己的系统中就必须使用该厂家的专有协议或SDK来进行开发，这使得系统间的集成依然非常困难。如能统一标准，网络化门禁系统必将取得飞跃性的发展。
另外，由于网络化门禁系统较为复杂，开发周期长，因此产品的研发成本高。早期的网络通信模块的成本也很高，这两方面使得网络化门禁成本较高。不过，单根网线的成本与双绞线相比，网线更低，同时增加了布线和维护的方便性，因此，在大型项目中，成本并不是网络化门禁的劣势，且呈现出点位数越多成本优势越明显的趋势。如能进一步优化其在小系统中的成本，网络化门禁对门禁市场的影响将更深化。
