PCR参照物有内参和外参两种。在实验过程中，往往很容易混淆这两种参照物，把内参当成外参，而把外参当成是内参。那么，下面就用一个例子来说明什么是PCR外参?什么是PCR内参?他们的作用又分别是什么?
做Real-TimePCR，以GAPDH为参照标准，GAPDH和目的基因反应体系是在两个EP管中进行，结果以GAPDH/目的基因为相对表达量，请问我这是内参还是外参?
1.Real-timePCR技术的原理就是用一种标准对照能够估计出一种特异性靶DNA或RNA分子的相对含量。
2.这种标准对照就是参照物，在定量pcr中，用它来作为扩增系统的阳性对照，并作为未知样品定量的标准，同时通过竞争性作用校正扩增系统内管间的扩增效率，使其具有可比性。参照物按其性质不同可分为内参照和外参照。内参照是与目的基因加于同一反应管中，与目的基因同时进行扩增，以反映体系中可能出现的PCR影响因素，此即所谓的竞争性PCR;而外参照则是参照物与目的基因的扩增分别在不同的管间进行，此即所谓的非竞争性PCR。
弄清楚了以上的概念，我们就可以明确的确定在上述实例中所提到的GAPDH实际上是该实验的外参，因为它和目的基因是在不同的EP管中进行反应的。
