中国科学院合肥物质科学研究院的历史可以追溯到2001年。那一年，原中国科学院合肥分院及安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所、固体物理研究所初步合并成为中国科学院合肥研究院。2003年5月，相关部门批复文件，正式合并建立中国科学院合肥物质科学研究院。
如今，中国科学院合肥物质科学研究院已经是中国科学院所属最大的综合性科研机构之一。它位于合肥市蜀山区科学岛，面积2.65平方公里，由安光所、等离子体所、固体所、智能所、强磁场中心、核能安全所、健康所7个研究单元组成，与地方政府共建了6个成果转化平台。
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