辣椒zui早出自美洲，但自十五世纪被航海家们带至世界各地后，这种植物成为了zui广泛种植的香料作物之一。辣椒不仅营养丰富，zui重要的就是其口味中的辣令美食家们流连忘返，甚至还成为了一些城市的“地标”那么这种备受世界各地喜爱的植物为何会具有这样*的辣味呢？本身从进化的角度上来看，野生辣椒的辣味能令食草动物退避三舍，不去咀嚼其种子，但是对于人类来说辣椒并不是必需的，主要是因为其辣味带来的神经刺激，让我们渐渐“上瘾”，这其中有何奥秘？辣椒辣味的遗传分子机制又是什么呢？野生辣椒与驯化后的辣椒有何区别？带来辣味的“辣基因”还存在于哪些蔬菜中呢？
ELISA试剂盒以及随后的航海探索，辣椒传遍了世界各地，这是由于辣椒能够适应于不同的农业气候，并且被具有不同文化背景的人们快速接受。 在对辣椒与其他茄科植物的比较基因组及进化分析中，还发现辣椒和西红柿、马铃薯一样，经历了一次三倍化事件和一次全基因复制事件，但是由茄科中分化出的辣椒属分支并未发生全基因组的复制，进一步证实辣椒的基因组扩张是由近期重复序列的扩张复制导致的。相对于马铃薯和西红柿，辣椒基因组产生了大量的重排和异位事件。
辣椒为什么会辣，含有同源基因的西红柿为何不辣？
对于这个*主要由辣椒素和二氢辣椒素组成，能够产生辣椒果实*的辣味。在辣椒中发现了51个参与辣椒素生物合成的基因家族，虽然这些基因家族在西红柿、土豆、拟南芥中也存在同源基因，但部分关键的基因在辣椒中有明显的拷贝数扩增。ELISA试剂盒通过对不同辣度的辣椒相关转录组数据的比较分析，我们推测可能负责辣椒素zui终合成的AT基因家族中AT3-D1和AT3-D2基因协同作用，合成并积累含量不同的辣椒素，这可能是一种与辣椒素积累相连的关键因素，可以决定不同品种辣椒的辣度。其它一些蔬菜，如西红柿，马铃薯种也含有*生物合成相关的同源基因，那么为何这些蔬菜中没有辣味呢？
ELISA试剂盒西红柿和马铃薯AT同源基因比较，负责辣椒素zui终合成的AT基因家族中AT3-D1和AT3-D2发生了保守结构域中重要氨基酸的突变，这种突变导致AT3-D1和AT3-D2基因发生了功能的变化，能够合成辣椒素并产生辣椒果实*的辣味。 同时对野生辣椒和栽培辣椒进行了全基因组测序，并绘制了其完整的基因组图谱。 相关发现证实了前人推测的染色体异位现象。在人工驯化过程中，野生种的1号染色体和8号染色体发生了染色体的异位，导致了驯化后的栽培种1号染色体的长臂更长和8号染色体的长臂更短，但是8号染色体的短臂并没有丢失，只是低密度的遗传图谱观测不到。
ELISA试剂盒通过将3个野生/半野生和栽培辣椒基因组与20种重测序品种进行比对之后，研究人员发现了大量的驯化候选基因，这些基因揭示出人工选择的分子印迹。在驯化辣椒的选择区域内，有511个基因可能是与转录调控、压力、防御反应、生长、果实发育相关。另外，在栽培和驯化辣椒之间的形体和生理上的差别也可能与这些驯化的基因有关。
此外，之前韩国的也完成了甜辣基因组测序，两个参考物种都是一年生辣椒，尽管表型不同，但基因组的特征非常相似，基因组的序列差异不到1%。
