检测任何目的靶蛋白都有不止一种抗体可供挑选，为缩小抗体的挑选范围选中合适的抗体，需求考虑如下几种因素：
1. 剖析或运用的类型
一般抗体说明书都列出该抗体经实验验证过适用于何种剖析类型，如：能够运用于 WB IHC ICC ELASA 剖析等，假如抗体说明书没有提及的运用类型，并不意味着该抗体不适用于此种剖析运用类型，而仅是说明没有经过此种剖析实验验证，假如抗体不适用某些剖析实验，则会在抗体说明书上标注出来不适于某剖析实验。
2. 样本蛋白的结构性质
了解样本蛋白的结构性质有助于挑选合适的抗体，至少两方面因素需求考虑待测样本蛋白的结构域：抗体是由各种不同免疫原免疫宿主而制备得来，其间的免疫原包括：全长蛋白、蛋白片断、多肽、全有机体或细胞，抗体说明书一般都有免疫原的描绘，假如计划检测的是蛋白片断或一种特别的同型物或蛋白全长的某一区域，则必须挑选用含此片段域的免疫原制备出的抗体。
3. 样本的物种
应挑选物种相同或有穿插反响的抗体，抗体可能与不同物种的同种靶蛋白有穿插反响，因其氨基酸序列同源性较高，假如样本的种类未列入抗体说明书上的穿插反响种属表中，并不意味着该抗体不适用于检测该物种的蛋白，而只是表明该物种没有用此抗体检测验证过，应通过序列比对的方法来预测穿插反响，可运用 Expasy 和 NCBI BLAST 来进行不同物种蛋白同源性比对。
4. 抗体宿主的种类
一抗的挑选
一般说来，在运用偶联二抗结合无偶联物的一抗时，一抗宿主动物的物种挑选较为重要，对于免疫组化而言，尽可能挑选与样本不同种系物种的一抗，然后防止二抗与样本内源性免疫球蛋白发生穿插反响，例如：检测小鼠样本蛋白，则不应挑选小鼠或大鼠源的一抗，选兔源的一抗，则二抗则可挑选偶联了检测分子的抗兔 IgG。
二抗的挑选
二抗应选用与运用的一抗相同的物种来历，例如：假如你的一抗是小鼠的单克隆抗体，二抗则选抗小鼠的二抗 anti-mouse secondary 。主张检查二抗说明书确保该抗体适用于你的检测运用， 二抗一般连接荧光素 FITC 或发光团。
双重染色抗体的挑选
双重染色抗体的挑选用未偶联一抗进行细胞培养物或安排切片的双重免疫染色要求一抗来历于不同物种并且二抗别离辨认其间之一，二抗说明书应描绘其与其它物种来历的免疫球蛋有否有穿插吸附。
