污染是细胞培育的大敌。预防和避免污染是细胞培育成功的要害之一。一开始就要十分重视，避免污染，否则会前功尽弃，不仅浪费时间，并且浪费人力、物力，乃至形成无法弥补的丢失。 细胞培育中常见的生物污染类型有6种，分别是细菌污染、支原体污染、原虫污染、黑胶虫污染、真菌污染以及非细胞污染。他们在细胞培育中污染的特点如下：
1.支原体：黑色的，好象多为多形，培育液一般培育液一般会污浊，原体感染，国内血清许多都没有做支原体阴性检测，而支原体是牛血清中常见的微生物之一。并且它不能用过滤的办法除掉。支原体感染细胞以后，细胞病变不很显着，只是渐渐死qu。
2. 真菌：一般培育液清亮，不变色，镜下有丝状物，有些真菌开始很像死细胞碎片，只是它许多许多的小块很清楚，象珊瑚状，不象细胞碎片分不清，渐渐的会长出很细的黑色丝状物。真菌成长的比较慢，不象细菌那么简单被发现，但是一旦发现有它的存在细胞就被污染了，也很难救活了。
3. 黑胶虫：能够穿透滤膜，也能够通过空气传播，低倍下为黑色点状，高倍下可看见黑色的小虫游来游去，培育液也是不浑的，一般不会太影响，细胞仍是能够用的。常常是细胞成长状态杰出，且观测到的运动物无显着增多，且培育液色彩、透明度无显着变化，可在同一批号的血清养的细胞中发现类似现象。对细胞成长状态不会有显着影响，在细胞增殖旺盛之后会天然消失，除替换血清外无须特别处理。
4. 非同种细胞污染 ：便是细胞交叉污染，因为细胞培育操作时各细胞株所需的器件和溶液没有严格分隔，往往会使一种细胞被另一种细胞污染。
5. 原虫：培育液可细微污浊，显微镜下那些细微的点状物数量十分多，细微活动，细胞虽然能够成长但繁殖速度却显着减慢，并且细胞状态欠好，边际不清楚，细胞不透亮。他们与细胞可共生但会与细胞争夺养分。这种共生是十分普遍的，但他们的数量小，细胞站优势所以不会影响到细胞的正常成长，只有当他们抵达必定的数量时就会影响到细胞的成长，终形成恶性循环。
6. 细菌：细菌在普通倒置显微镜下为黑色细沙状，依据感染细菌的不同，可有不同的外形，培育液一般会污浊变黄，对细胞成长影响显着。
现在，世界上已有几十种细胞都被 HeLa 细胞所污染，致使许多试验宣告无效。非细胞培育物所形成的化学成分的污染也偶有发生，大多是因为细胞培育所需物品清洗消毒不*而带入一些有毒化学物质所造成的。
