培养基的灭菌并不复杂,只需要区分培养基中的哪些成分是可以高温高压,哪些不需要.此外还需要控制温度.
允许高温高压的成分在灭菌前配置好,高温高压灭菌即可（绝大多数成分可以直接高温高压灭菌）,部分成分高温高压后会导致其失效的应该在灭菌完成后加入,加入前可以用滤过除菌法灭菌.
一般来说,糖发酵类和部分选择性高的培养基是在115度温度下灭菌,其他多数为121度.选择性非常强的培养基甚至只需要煮沸即可.
1.首先将内层灭菌筒取出，再向外层锅加入适量的水，使水面与三角搁架相平为宜。
2.放回灭菌桶，并装入待灭菌物品。三角瓶与试管口端均不要与桶壁接触，以免冷凝水淋湿包口的纸而透入棉塞，
3.加盖，将盖上的排气软管插入内层灭菌桶的排气槽内。再以两两对称的方式同时旋紧相对的两个螺栓。
4.通电加热，并同时打开排气阀，使水沸腾以排除锅内的冷空气。待冷空气*排尽后，关上排气阀，让锅内的温度随蒸汽压力增加而逐渐上升，当锅内压力升到所需压力时，控制热源，维持压力至所需时间。
5. 灭菌所需时间到后，切断电源，让灭菌锅内温度自然下降，当压力表的压力降至0时，打开排气阀，旋松螺栓，打开盖子，取出灭菌物品。如果压力未降到0时，打开排气阀，就会因锅内压力突然下降，使容器内的培养基由于内外压力不平衡而冲出烧瓶或试管口，造成棉塞沾染培养基而发生污染。
