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溶解氧(DO)的影响包括两方面。首先必须在厌氧区控制严格的厌氧条件,这直接关系到聚磷菌的生长状况、释磷能力及利用有机基质合成PHB的能力。由于DO的存在,一方面DO将作为终电子受体而引致厌氧菌的发酵产酸作用,妨碍磷的释放;另一方面会耗尽能快速降解有机基质,从而减少了聚磷菌所需的脂肪酸产生量,造成生物除磷效果差。其次是在好氧区中要供给足够的DO,以满足聚磷菌对其储存的PHB进行降解,释放足够的能量供其过量摄磷之需,从而有效地洗手废水中的磷。一般厌氧段的DO应严格控制在0.2mg/L以下,而好氧段的DO控制在2.0mg/L左右。
硝态氮包括硝酸盐氮和亚硝酸盐氮,其存在同样也会消耗有机基质(即降低了进水的有效BOD5/P值)而抑制聚磷菌对磷的释放,从而影响在好氧条件下聚磷菌对磷的摄取。另一方面,硝态氮的存在会被部分生物聚磷菌(气单胞菌)利用作为电子受体进行反硝化,从而影响其以发酵中间产物作为电子受体进行发酵产酸,抑制了聚磷菌的释磷和摄磷能力及PHB的合成能力。